（福浦キャンパス）

がん、生活習慣病などの克服を目指した基礎研究と、その成果を臨床に応用する橋渡し研究（Translational Research)を推進している附置研究所です。
ゲノム・エピゲノム(遺伝子）、プロテオーム（タンパク質）、セローム（細胞）の各解析センターのほか、様々な研究室の知見を集約して組織横断的に協力しながら、学内の共同研究ならびに産学官連携研究の推進、バイオバンクの拡充に努めています。臨床・産業現場のニーズに応える実用化技術を開発することを目指して、複数の「研究開発プロジェクト」に取り組んでいます。

（舞岡キャンパス）

「地球の歴史は地層に、生物の歴史は染色体に記されてある」の言葉で有名な故木原均博士の業績の継承と新たな発展をめざし、昭和59年に寄贈移管された植物科学に特化している附置研究所です。本研究所は、実験施設に隣接する圃場を備えており、植物遺伝資源科学、植物ゲノム科学、植物応用ゲノム科学、植物エピゲノム科学の４つの部門によって、保有する植物遺伝資源を活用した研究を理化学研究所をはじめとした国内外の研究機関と連携して推進しています。

（横浜金沢ハイテクセンター・テクノコア）

病気に苦しむ市民や国民の皆様に、「次の一手」となるような最先端の治療法をお届けしたい。そんな願いから、Y-NEXT（横浜市立大学次世代臨床研究センター）は誕生しました。
Y-NEXTは、最先端の治療をいち早く患者さんに届けることを目標とした、臨床研究を推進するための専門家集団が集まる研究支援組織です。先端的な治療を多くの患者さんが安全に受けられるようになるためには、基礎研究、橋渡し研究、臨床研究、そして臨床現場までがスムーズに連携した体制が必要不可欠になります。
「夢の治療法」を「あたり前の選択肢」として確立するために、臨床研究を円滑かつ安全に推進していきます。

（金沢八景キャンパス・舞岡キャンパス） 

ゲノム科学・生化学・細胞生物学・構造生物学・計算機科学・物質科学を基盤にした新しい統合生命科学をもとに、生命の持つ複雑な機能・組織を、分子・原子のシステムとして理解し、自然科学の立場から人間社会が直面する課題解決に貢献することを目指しています。

 （鶴見キャンパス）

大学院生命医科学研究科は、理化学研究所横浜事業所と同一敷地内に位置しています。世界で初めての950MHz LC-NMRや800MHz NMR装置（文科省のNMR共用プラットフォーム事業を実施中。X線発生装置、単結晶用X線回析計、X線溶液散乱装置、質量分析計、並列計算スーパーコンピューターなど、一つの大学としては日本国内最高位、世界的にもトップレベルの研究環境を誇っています。

（福浦キャンパス）

医科学専攻では、生体や疾病のしくみを、個体から細胞、分子の各レベルにおいて明らかにするとともに、様々な知識・技術を駆使して新たな予防・診断・治療法の開発を行います。基礎生物学・臨床医学・医療を往き来する中で、世界をリードする革新的な研究を行い、地域や社会の発展に貢献することを目指しています。

看護学専攻では、新しい知見を得るための研究手法を通じて、看護学の発展・開拓に寄与し、様々な機関と共同で、人々の健康に寄与する基礎研究や、システム・製品等の開発、臨床評価・応用に至るまで、幅広く、創造的かつ科学的に研究を遂行します。

（金沢八景キャンパス）

主要な研究領域である「都市」「社会」「文化」それぞれの研究ディシプリンを身に付けられる研究科です。人文・社会科学の様々な分野の学問を基盤とし、都市社会の非常に複雑な課題を解決するための総合的・実践的教育及び研究を行っています。

（金沢八景キャンパス）

社会の要請に応じ、常にビジネスの最先端の諸課題に対応できる人材を輩出する教育・研究機関を目指しています。昨今重要度が高まっているサービス・ビジネスについて専門的かつ科学的に研究を進めることを目的とする、サービス・サイエンス研究プログラムなども含め、グローバル化が進む企業で活躍できる人材の育成を行っています。  

（金沢八景キャンパス・みなとみらいサテライトキャンパス） 

2020年度に開設。データサイエンス専攻、ヘルスデータサイエンス専攻の2つの専攻を有し、社会潮流の把握に基づいた課題背景の理解を基盤として、膨大なデータの分析から創出する新たな価値を社会実装することを目指します。