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共同利用・共同研究拠点「マルチオミックスによる遺伝子発現制御の先端的医学共同研究拠点」

「マルチオミックスによる遺伝子発現制御の先端的医学共同研究拠点」

拠点の概要

横浜市立大学先端医科学研究センターは、平成30年4月1日より共同利用・共同研究拠点「マルチオミックスによる遺伝子発現制御の先端医学共同研究拠点」として文部科学省に認定され、令和4年度より「特色ある共同研究拠点の整備の推進事業~機能強化支援~」に採択されました。
これまで本センターで培ってきた、各種オミックスやバイオインフォマティクスの解析設備と技術を他大学・研究所・企業に提供し、遺伝子発現制御研究に関する医学研究を推進しています。

生命現象の核をなし、疾患病態の理解にも重要な遺伝子発現制御に関する研究には、様々な網羅的な分子情報をまとめた情報(オミックス情報)および膨大なデータを統合的に解析するバイオインフォマティクスの技術が不可欠です。本拠点では、RNA-seqやChIP-seq、単一細胞RNA-seqなどの次世代シーケンサー解析や、質量分析法などの共同利用・共同研究を広く進めることで、遺伝子発現制御に関する医学研究の発展に貢献します。


【認定概要】
 大学・研究施設名 : 横浜市立大学先端医科学研究センター
 代   表    者 : 中島 淳(先端医科学研究センター センター長)
 運   営   委   員   長 :   田村智彦(免疫学 教授)
 拠  点  名  称 : マルチオミックスによる遺伝子発現制御の先端的医学共同研究拠点
 研  究  分  野 : 医学・生物系
 認  定  期  間 : 平成30年4月1日~令和6年3月31日
 参        考 : http://www.mext.go.jp/a_menu/kyoten/1397790.htm  (文部科学省ホームページ)
 
 

共同研究について

本拠点では、遺伝子発現制御に関わる重要な医学的課題について、高度な解析技術による深い分子機構の理解に基づき、新たな概念に結びつく共同研究の公募を行います。

≪謝辞≫
共同研究の成果を学術論文として発表される場合は、謝辞に本拠点の支援による旨の文章を記載してください。グラント番号についての詳細は、拠点窓口までお問い合わせください。
 
文例は以下を参考にしてください。
【和文】
本研究成果は横浜市立大学先端医科学研究センターにおける文部科学省特色ある共同研究拠点の整備の推進事業 JPMXP0618217493, JPMXP0622717006の支援を受けて得られたものです。
【英文】
This research was supported by MEXT Promotion of Distinctive Joint Research Center Program Grant Numbers JPMXP0618217493, JPMXP0622717006 at the Advanced Medical Research Center, Yokohama City University.

R4年度の共同研究の募集要項について
こちらご覧ください。

共同研究課題実績

□ 令和4年度共同研究

  共同研究者所属機関   研究課題名称 
群馬大学
生体調節研究所
膵β 細胞量を規定する機能的遺伝子の同定による膵島機能制御 
国立国際医療研究センター ヒト膵島細胞の性状解析 
大阪大学大学院
医学系研究科  
腫瘍増殖を抑制する転写ユニティー機構の解明 
東京薬科大学
生命科学部 
好中球様単球の分化機構と、炎症疾患の病態形成における役割の解析 
東京女子医科大学
医学部
肺血管-上皮三次元イメージング法の開発 
国立国際医療研究センター研究所   神経シグナルが造血幹細胞ホーミングを制御するメカニズムの解析  
熊本大学
国際先端医学研究機構 
選択的 mTORシグナル調節による、γδT細胞分化誘導機構の解明と抗腫瘍効果への応用
北里大学
理学部
公共データベースのトランスクリプトームデータを使った、新規遺伝子相互作用の探索プログラムの開発
東京薬科大学
生命科学部 
新規単球の分化制御機構の解明  
10  神奈川県立がんセンター
臨床研究所 
エピゲノム解析を用いた膵癌微小環境の相互作用に関する探索的研究 
 

□ 令和3年度共同研究

  共同研究者所属機関  研究課題名称 
熊本大学
国際先端医学研究機構
生体由来微少細胞を用いたクロマチンプロファイル解析 
国立がん研究センター
研究所
白血病がん遺伝子MLL-AF4の発現制御機構の解明 
群馬大学
生体調節研究所 
ヒトおよびマウス膵島細胞の単一細胞解析による内分泌・増殖制御機構の解明 
東海大学
医学部
cccDNAに結合する新規反復配列によるヒストン修飾を介したHBV感染制御 
 

□令和2年度共同研究

  共同研究者所属機関  研究課題名称 
大阪大学
大学院医学系研究科 
RNAポリメラーゼⅡ変異に依存したクロマチン構造変換による腫瘍増悪化機序の解明 
北里大学
理学部  
SWI/SNF クロマチンリモデリング複合体による生殖細胞の性分化制御機構 
東海大学
医学部 
cccDNA(covalently closed circular DNA)に結合する新規宿主RNA機能解析
国立がん研究センター
研究所 
急性骨髄性白血病に必須なHOXA遺伝子の発現制御の解析  
熊本大学
国際先端医学研究機構  
細胞内代謝調節によるT細胞分化制御機構の解明 
国立国際医療研究センター
研究所  
ストレスが負荷された経験を造血幹細胞が記憶するメカニズムの理解
東京薬科大学
生命科学部 
制御性単球・マクロファージの分化機構解明とその臨床応用
東京大学
医科学研究所
DNAバーコードを用いた造血幹細胞の非対称分裂の解析  
神戸医療産業都市推進機構
先端医療研究センター  
造血器腫瘍における骨髄微小環境の解析  
 

□平成31年度共同研究

  共同研究者所属機関  研究課題名称 
東海大学
医学部 
マルチオミクスを活用した新規プロテオーム解析技術の創出
熊本大学
国際先端医科学研究機構
細胞内代謝調節によるT細胞分化制御機構の解明
北里大学
理学部
細胞分化において遺伝子発現を至適化するエンハンサー制御機構の解明 
東京大学
医科学研究所
ライフコースにおける造血幹細胞特性の統合的理解 
東京薬科大学
生命科学部 
炎症抑制単球・マクロファージの文化制御機構解明 
神戸大学
医学部 
中枢神経原発悪性リンパ腫における発がんの分子機構の解明
大阪大学
医学部
RNAポリメラーゼⅡ変異に依存したクロマチン構造変換による腫瘍増悪化機序の解明 
神奈川県立がんセンター 高精度なクリニカルシークエンスを目指した膵癌のゲノムとがん微小環境の統合理解
国立国際医療研究センター
研究所
造血幹細胞成熟過程の単一細胞レベルの特徴と多様性の変容の理解 
 

□平成30年度共同研究

  共同研究者所属機関  研究課題名称 
北里大学
理学部 
細胞分化において遺伝子発現を至適化するエンハンサー間相互作用
の解析
民間事業者(製薬企業)   <共同研究者の希望により非公開> 
東京薬科大学
生命科学部
炎症抑制性単球・マクロファージの分化制御機構解明を目指して 
国立国際医療研究センター  骨髄血管内皮細胞の成熟に伴う単一細胞レベルの多様性変化の理解
東京工業大学
生命理工学院  
転写終結部位の制御機構解明に向けたゲノムワイド解析
熊本大学
国際先端医学研究機構  
融合TFE3による発がん分子機構の解明
関西学院大学
理工学部 
胚性ゲノム活性化を保証するエピゲノム構造の解明 
東京薬科大学
生命科学部 
クローン造血の血球クローン拡大制御機構の解明 
 

共同利用について

本拠点では共同利用として、学内外の研究者を対象としたシングルセルRNA-seqの受託解析を行っています。

令和4年度 受託解析の詳細や申込方法は、こちらをご覧ください。

 

解析機器について

本拠点では、以下の機器などを用いて共同利用・共同研究を推進しています。

【主な解析機器】 ※( )内は機器帰属
 単一細胞解析装置:フリューダイム社C1(免疫学)
 単一細胞解析装置:10Xゲノミクス社Chromium(エピゲノム解析センター)
次世代シーケンサー:イルミナ社NextSeq 500(共用機器)

次世代シーケンサー:イルミナ社MiSeq(共用機器)

微量電気泳動システム:アジレント社Agilent 2100 バイオアナライザー(免疫学)
細胞分離装置:ベクトン・ディッキンソン社FACSAria II 2台(免疫学、セローム解析センター)
ラージメモリ解析サーバー:ナベインターナショナル社Takeru Large-Memory Server V(免疫学・バイオインフォマティクス解析センター)
解析サーバー:ナベインターナショナル社TAKERU for sequencer III(免疫学・バイオインフォマティクス解析センター)
密閉式超音波破砕装置:Diagenode社Picoruptor(免疫学)
自動磁気細胞分離装置:ミルテニーバイオテク社autoMACS Pro Separator(免疫学)
高速セルソーター:ベックマン・コールター社MoFlo Astrios EQ/EQs(セローム解析センター)
質量分析装置:AB SCIEX社Triple TOF 5600(プロテオーム解析センター)
質量分析装置:サーモフィッシャーサイエンティフィック社Q Exactive(プロテオーム解析センター)
質量分析装置:サーモフィッシャーサイエンティフィック社Orbitrap Elite(プロテオーム解析センター)

お問合せ先

事 務 担 当:横浜市立大学先端医科学研究センター「共同利用・共同研究拠点」運営事務局
T  E  L :045-787-2536 
E - m a i l :kyoudou@yokohama-cu.ac.jp

施設および機能