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バイオインフォマティクス解析センター

バイオインフォマティクス解析センター

■バイオインフォマティクス解析センターの概要

YCU Bioinformatics Laboratory  (English website)


センター長
田村 智彦(免疫学 教授)

ライフサイエンスと情報科学が融合した解析を行う共同研究室です。マイクロアレイ、RNA-seq、scRNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq、Hi-Cや質量分析など、ゲノムワイドな網羅的解析から生み出される大規模データを、クラスタリング、アノテーション、次元削減、視覚化など様々な手法を駆使して適切に処理する技術によって、先端医学研究を推進します。また、様々な実習や講義、共同研究などによって実験研究者を支援しています。
 

専任教員
Jordan RAMILOWSKI(ジョーダン・ラミロフスキー)・バイオインフォマティクス解析センター 准教授

 

□主な設置機器

解析用サーバTAKERU for Sequencer Ⅲ
TAKERU Large-Memory Server V 
TAKERU Large-Memory Server V

■バイオインフォマティクスツールポータル

本解析センターで利用できるツールを紹介しています。
バイオインフォマティクスツールポータルサイトはこちら(学内専用)

■バイオインフォマティクス実習・実践について

次世代シーケンス(NGS)データ解析のうち、最も一般的に使用されている技術について、理論的および実践的側面について解説します。具体的には、トピックの紹介と、Rプログラミング言語とRStudio環境を使用してデータを解析するプログラム(全8回)で構成されています。
大学院(医学研究科医科学専攻)の選択科目「バイオインフォマティクス実践」も兼ねているため、実習だけでなく講義も取り入れた内容となっていますので、ご興味のある方は是非お申込み下さい。
【2022.04.21】
2022年度の実習・実践の申込受付は終了しました。

□概要

詳細は、こちらをご参照下さい。

【開催期間】2022年5月16日(月)~10月3日(月)
【講師】Jordan RAMILOWSKI(バイオインフォマティクス解析センター 准教授)
【サポート講師】西山 晃(免疫学 准教授)、黒滝 大翼(熊本大学 特任准教授)
【形式】オンライン実習・実践(Zoom)
 ※受講者自身のPCを使用していただきます。
【定員(予定)】約20~25名(大学院の単位取得希望者優先。他は抽選)
【使用言語】英語
【参加費】以下のとおり
・本学学生(大学院生、卒研生含む)=無料
・本学教員・研究員(特任・客員含む)=5,000円
・本学拠点で共同研究・共同利用している学外学生・大学院生=無料
・本学拠点で共同研究・共同利用している学外教員・研究者=5,000円
・その他の学外研究者=7,500円
 ※料金は8回分の価格ですが、1回限りの参加でも同価格となります。
 ※拠点=共同利用・共同研究拠点を指します。
【申込方法】下記の申込みフォームにて必ずお申込み下さい。
 

【録画動画のオンデマンド配信について】
・各実習終了後に、受講者の皆さんに録画配信のURLをお送りします。有効期限は申込み年度末です。翌年度も継続して動画の視聴を希望される場合は新たに申込みをして下さい。
・実習に参加せずにオンデマンド聴講のみも可能です。希望される方は申込みフォームにてお申込み下さい。参加費が有料の対象の方については実習参加の場合と同額の参加費をお支払いいただきます。
・「バイオインフォマティクス実践」を受講の方で、オンデマンド聴講のみを希望される方は、実習終了後に案内しますアンケートフォームの感想欄に英語で100 words以上(日本語の場合は約200~250字以上)の感想を書いて下さい。
※動画ファイルのダウンロードは出来ません。

申込みフォーム(必ず英語で回答して下さい)
申込期限 2022年4月21日(木)

*受講の申込みをしていただいた方には、事務局より追ってご連絡致します。
*単位取得希望の大学院生の方は、「バイオインフォマティクス実践」の履修登録も併せて行って下さい。

 バイオインフォマティクス実習・実践の問い合わせ先
【大学院選択科目についてのお問い合わせ】
(福浦キャンパス)医学教育推進課 学務・教務担当 宮川
E-mail:
igakuin@yokohama-cu.ac.jp

【その他のお問い合わせ】
バイオインフォマティクス実習事務局
(福浦キャンパス)研究・産学連携推進課 産学連携担当 山崎
E-mail:
ycu_bi00@yokohama-cu.ac.jp

■バイオインフォマティクス解析集中トレーニングコースについて

共同利用・共同研究拠点(文部科学省)の活動の一環として、バイオインフォマティクスの手法を身に着けた研究者を育成するための集中トレーニングコースを実施しています。

2021年度の集中トレーニングコース“Advanced Bioinformatics Practical Course”では、R 4.1(RStudio、Seurat 4、Monocle 3)を用いた上級者向けのシングルセルデータ解析の解説・実習を行いました。

【開催期間】2022年1月17日(月)~2月28日(月)
【講師】Jordan RAMILOWSKI(バイオインフォマティクス解析センター 准教授)
【サポート講師】西山 晃(免疫学 准教授)、奥田 博史(免疫学 助教)
【形式】オンライン実習・実践(Zoom)
 ※受講者自身のPCを使用していただきます。
【定員】約20名(拠点の共同研究者優先)
【使用言語】英語
【参加費】バイオインフォマティクス実習と同額
【申込方法】申込みフォームにて必ずお申込み下さい。

2021年度の本コースの対象者は上級者向けですので、特に下記の知識・技能を持つ方を対象としています。
① R / RStudioの基本的な知識、
② RNA-seqシングルセル解析技術の基本的な理解、
③ ご自身のPCでの解析環境の設定(手順書はこちらでご用意いたします)

詳細は、こちらをご確認ください。

2022年度の集中トレーニングコースについては、開講日が近付きましたらお知らせします。 

■バイオインフォマティクス特講について

現代のバイオインフォマティクスとライフサイエンスのビッグデータの解析を紹介し、AIやNGS技術の実用化や医療への応用、関連データの分析と可視化するための最新の実例を紹介します。
講義(セミナー+オープンディスカッション)は、それぞれ異なるトピックを取り上げ、学識経験者やバイオインフォマティクスの専門家が講師を務めます。

2022年度の講義については、開講日が近付きましたらお知らせします。
 

■PowerEdge T440システム LTO8 テープ バックアップシステム

12TB/30TBまでの大容量データをHDDから1本のLTOテープにバックアップできるLinuxサーバーシステム
本機器は、2019年から医学部共用機器として希望する方に利用していただいています。基礎研究棟1階 B126-2に設置しています。



≪機器の概要について≫
近年、次世代シークエンサーデータや顕微鏡画像データなど、大規模のデジタルデータを扱う研究が盛んです。ところが、ハードディスクドライブは寿命が短く(3~5年)、突然の故障という危険性をはらんでいます。そのような中、LTOテープは長期保存が可能で(10~30年)、信頼性が高く、比較的安価な「磁気テープ」によるバックアップシステムです。Google社等の大企業や大学、研究所をはじめ、利用が広まりつつあります。
本機器はHDDから12TB/30TBテープ一本にバックアップができるLinuxサーバーで構成されています。
≪利用者について≫
・学内の研究者及び大学院生
・次世代シークエンサーデータや画像データなどの大型データを扱っており、データを長期間安定的に保存したい方には特に有用な機器であると考えられます。

≪機器管理責任者≫
 Jordan Ramilowski 

□本機器の利用について

本機器を利用される際は、下記の「利用について」を必ずお読み下さい。


施設および機能