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バイオインフォマティクス解析室

バイオインフォマティクス解析室

バイオインフォマティクス解析室の概要

ライフサイエンスと情報科学とが融合した解析を行う研究施設です。(single cell) RNA-seq、全ゲノムクロマチン免疫沈降シーケンス(ChIP-Seq)、高次クロマチン構造解析(Hi-C)や質量分析などの網羅的な解析技術の発展に伴って必要となる発現プロファイリング、クラスタリング、アノテーション、大量のデータを視覚的に表現する手法などを駆使して先端医科学研究を行うとともに、各研究者の支援を行います。
 
■室長 田村 智彦(免疫学 教授)
福浦キャンパス 先端医科学研究センター4階P404
 

設備等

解析用サーバTAKERU for Sequencer Ⅲ
TAKERU Large-Memory Server V

バイオインフォマティクスツールポータル

本解析室で利用できるツールを紹介しています。

バイオインフォマティクス実習について

バイオインフォマティクスを推進し、実験研究者への普及を図るため、大規模データの解析手法について解説します。実習室のパソコンを1人1台使用しますが、2020年度の実習は大学院(医科学専攻)の選択科目も兼ねているため、実習だけでなく講義も取り入れたカリキュラム(全8回)となります。

【ご連絡】2020/5/1 新型コロナウイルス感染症拡大による影響で、全8回Zoomでの実習・講義となりました。日程の変更または休講になる場合は、事前にご連絡します。

概要

講 師:中林 潤 (東京医科歯科大学総合教育機構教養部数学科教授、横浜市立大学客員教授)
会 場:福浦キャンパス 看護棟 M402 情報処理室 (横浜市金沢区福浦3-9 シーサイドライン 市大医学部駅下車)
定 員:30名(大学院の単位取得希望者優先。他は先着順)

第5回 バイオインフォマティクス実習・実践 簡易アンケート



  簡易アンケート
  10月28日(水)までにご回答下さい。


お問い合わせ先

【大学院(医科学専攻)選択科目についてのお問い合わせ】
(福浦キャンパス)医学教育推進課 学務・教務担当 森田
TEL:045-787-2530(内線2511)
E-mail:igakuin@yokohama-cu.ac.jp

【その他のお問い合わせ】
バイオインフォマティクス実習事務局
(福浦キャンパス)研究・産学連携推進課 産学連携担当 山崎
TEL:045-787-2529 (内線2514)
E-mail:ycu_bi00@yokohama-cu.ac.jp
12TB/30TBまでの大容量データをHDDから1本のLTOテープにバックアップできるLinuxサーバーシステム

【医学部共用機器】PowerEdge T440システム LTO8 テープ バックアップシステム

 本機器は、2019年から医学部共用機器として先端医科学研究センターのバイオインフォマティクス解析室に設置しています。
 
≪機器の概要について≫
 近年、次世代シークエンサーデータや顕微鏡画像データなど、大規模のデジタルデータを扱う研究が盛んです。ところが、ハードディスクドライブは寿命が短く(3~5年)、突然の故障という危険性をはらんでいます。そのような中、LTOテープは長期保存が可能で(10~30年)、信頼性が高く、比較的安価な「磁気テープ」によるバックアップシステムです。Google社等の大企業や大学、研究所をはじめ、利用が広まりつつあります。
 本機器はHDDから12TB/30TBテープ一本にバックアップができるLinuxサーバーで構成されています。
 
≪利用者について≫
・学内の研究者及び大学院生
・次世代シークエンサーデータや画像データなどの大型データを扱っており、データを長期間安定的に保存したい方には特に有用な機器であると考えられます。

本機器の利用について

本機器を利用される際は、下記の「利用について」を必ずお読み下さい。

利用について
利用申請書

施設および機能