バイオインフォマティクス解析センター
■バイオインフォマティクス解析センターの概要
YCU Bioinformatics Laboratory (English website)
ライフサイエンスと情報科学を融合させる解析センターです。マイクロアレイ、RNA-seq、scRNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq、Hi-Cや質量分析など、ゲノムワイドな網羅的解析から生み出される大規模データを、クラスタリング、アノテーション、次元削減、視覚化など様々な手法を駆使して適切に処理する技術によって、先端医学研究を推進します。また、様々な実習や講義、共同研究を行うとともに、幅広く研究者の支援も行っています。
バイオインフォマティクス解析センターでは、各分野の研究にバイオインフォマティクスを活かしていきたい大学院生を募集しています。
連絡先：ラミロフスキー教授 jordanr(at)yokohama-cu.ac.jp
□主な設置機器
解析用サーバTAKERU for Sequencer Ⅲ
TAKERU Large-Memory Server V
TAKERU Large-Memory Server V
■バイオインフォマティクスツールポータル
本解析センターで利用できるツールを紹介しています。
バイオインフォマティクスツールポータルサイトはこちら（学内専用）
バイオインフォマティクスツールポータルサイトはこちら（学内専用）
■バイオインフォマティクスの実習・実践について
■バイオインフォマティクス特講について
バイオインフォマティクス特講では、バイオインフォマティクスとAIライフサイエンスビッグデータ解析の最新手法を紹介し、その生物学的・医学的応用を紹介します。
■バイオインフォマティクス解析集中トレーニングコースについて
共同利用・共同研究拠点（文部科学省）の活動の一環として、バイオインフォマティクスの手法を身に着けた研究者を育成するための集中トレーニングコースを毎年実施しています。
2024年度募集を終了しました。（詳細はこちらから）
2024年度募集を終了しました。（詳細はこちらから）
■PowerEdge T440システム LTO8 テープ バックアップシステム
12TB／30TBまでの大容量データをHDDから1本のLTOテープにバックアップできるLinuxサーバーシステム
本機器は、2019年から医学部共用機器として希望する方に利用していただいています。基礎研究棟１階 B126-2に設置しています。
≪機器の概要について≫
≪機器の概要について≫
近年、次世代シークエンサーデータや顕微鏡画像データなど、大規模のデジタルデータを扱う研究が盛んです。ところが、ハードディスクドライブは寿命が短く(3~5年)、突然の故障という危険性をはらんでいます。そのような中、LTOテープは長期保存が可能で(10~30年)、信頼性が高く、比較的安価な「磁気テープ」によるバックアップシステムです。Google社等の大企業や大学、研究所をはじめ、利用が広まりつつあります。
本機器はHDDから12TB/30TBテープ一本にバックアップができるLinuxサーバーで構成されています。
≪利用者について≫
・学内の研究者及び大学院生
・次世代シークエンサーデータや画像データなどの大型データを扱っており、データを長期間安定的に保存したい方には特に有用な機器であると考えられます。
≪機器管理責任者≫
Jordan Ramilowski
・次世代シークエンサーデータや画像データなどの大型データを扱っており、データを長期間安定的に保存したい方には特に有用な機器であると考えられます。
≪機器管理責任者≫
