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バイオインフォマティクス解析室

バイオインフォマティクス解析室

バイオインフォマティクス解析室の概要

ライフサイエンスと情報科学とが融合した解析を行う研究施設です。(single cell) RNA-seq、全ゲノムクロマチン免疫沈降シーケンス(ChIP-Seq)、高次クロマチン構造解析(Hi-C)や質量分析などの網羅的な解析技術の発展に伴って必要となる発現プロファイリング、クラスタリング、アノテーション、大量のデータを視覚的に表現する手法などを駆使して先端医科学研究を行うとともに、各研究者の支援を行います。
 
■室長 田村 智彦・免疫学 教授
■専任教員 Jordan RAMILOWSKI(ジョーダン・ラミロフスキー)・バイオインフォマティクス解析室 准教授

E-mail:jordanr@yokohama-cu.ac.jp

福浦キャンパス 先端医科学研究センター4階P404 

設備等

解析用サーバTAKERU for Sequencer Ⅲ
TAKERU Large-Memory Server V

バイオインフォマティクスツールポータル

本解析室で利用できるツールを紹介しています。

バイオインフォマティクス特講について

この講義は、現代のバイオインフォマティクスとライフサイエンスのビッグデータの解析を紹介し、AIやNGS技術の実用化や医療への応用、関連データの分析と可視化するための最新の実例を紹介します。
講義(セミナー+オープンディスカッション)は、それぞれ異なるトピックを取り上げ、学識経験者やバイオインフォマティクスの専門家が講師を務めます。

概要

開催期間:10月18日(月)~12月6日(月)
開催形式:オンライン(Zoom)
申込方法:必ず下記の申込みフォームでお申込み下さい。Zoom情報は追ってご連絡します。
 
申込みフォーム
※本講義は大学院の科目ですが、本学の全ての教職員や学生の方が聴講出来ます。
※全8回通しての参加でなくても、ご興味のある回のみの参加も可能です。
※申込みは、聴講希望の講義当日の午前中まで受け付けています。
 
 バイオインフォマティクス特講の問い合わせ先

【大学院選択科目についてのお問い合わせ】
(福浦キャンパス)医学教育推進課 学務・教務担当 宮川
TEL:045-787-2530(内線2511)
E-mail:
igakuin@yokohama-cu.ac.jp

【その他のお問い合わせ】
バイオインフォマティクス実習事務局
(福浦キャンパス)研究・産学連携推進課 産学連携担当 山崎
TEL:045-787-2529 (内線2514)
E-mail:
ycu_bi00@yokohama-cu.ac.jp

バイオインフォマティクス実習・実践について

バイオインフォマティクスを推進し、実験研究者への普及を図るため、大規模データの解析手法について解説します。大学院(医科学専攻)の選択科目(バイオインフォマティクス実践)も兼ねているため、実習だけでなく講義も取り入れたカリキュラム(全8回)となります。

概要

開催期間:2021年5月17日(月)~10月11日(月)
講師:Jordan RAMILOWSKI(バイオインフォマティクス解析室 准教授)
アシスタント:西山 晃(免疫学 准教授)、黒滝 大翼(熊本大学 特任准教授)
形式:オンライン実習・実践(Zoom)
定員(予定):約20名(大学院の単位取得希望者優先。他は抽選)
使用言語:英語
 
申込みフォーム(必ず英語で回答して下さい)
※単位取得希望者は、「バイオインフォマティクス実践」の履修登録も併せて行って下さい。

【ご連絡
2021/4/27 申込みの受付は終了しました。

 バイオインフォマティクス実習・実践の問い合わせ先

【大学院選択科目についてのお問い合わせ】
(福浦キャンパス)医学教育推進課 学務・教務担当 宮川
TEL:045-787-2530(内線2511)
E-mail:
igakuin@yokohama-cu.ac.jp

【その他のお問い合わせ】
バイオインフォマティクス実習事務局
(福浦キャンパス)研究・産学連携推進課 産学連携担当 山崎
TEL:045-787-2529 (内線2514)
E-mail:
ycu_bi00@yokohama-cu.ac.jp
12TB/30TBまでの大容量データをHDDから1本のLTOテープにバックアップできるLinuxサーバーシステム

【医学部共用機器】PowerEdge T440システム LTO8 テープ バックアップシステム

 本機器は、2019年から医学部共用機器として希望する方に利用していただいています。基礎研究棟1階 B126-2に設置しています。
 
≪機器の概要について≫
 近年、次世代シークエンサーデータや顕微鏡画像データなど、大規模のデジタルデータを扱う研究が盛んです。ところが、ハードディスクドライブは寿命が短く(3~5年)、突然の故障という危険性をはらんでいます。そのような中、LTOテープは長期保存が可能で(10~30年)、信頼性が高く、比較的安価な「磁気テープ」によるバックアップシステムです。Google社等の大企業や大学、研究所をはじめ、利用が広まりつつあります。
 本機器はHDDから12TB/30TBテープ一本にバックアップができるLinuxサーバーで構成されています。
 
≪利用者について≫
・学内の研究者及び大学院生
・次世代シークエンサーデータや画像データなどの大型データを扱っており、データを長期間安定的に保存したい方には特に有用な機器であると考えられます。

≪機器管理責任者≫
 Jordan Ramilowski

本機器の利用について

本機器を利用される際は、下記の「利用について」を必ずお読み下さい。

利用について
利用申請書

施設および機能