Advanced Practical Bioinformatics Course ‘KYOTEN’ FY 2021~Zoomを使用したオンライン講義のお知らせ~

本学先端医科学研究センターでは、平成30年4月1日より共同利用・共同研究拠点「マルチオミックスによる遺伝子発現制御の先端的医学共同研究拠点」として文部科学省に認定されました。
これまで培ってきた、各種オミックスやバイオインフォマティクスの解析設備と技術を他大学・研究所・企業に提供し、遺伝子発現制御研究に関する医学研究を推進しています。
その活動の一環として、毎年「バイオインフォマティクス(BI)集中トレーニングコース」を開催しており、この度、2021年度の同コースを実施することになりました。

今回のバイオインフォマティクス(BI)集中トレーニングコースは、上級者向けのシングルセルデータ解析です。
R4.１(RStudio,Seurat4,Monocle3)を用いたシングルセルデータ解析の解説・実習を行います。
本学バイオインフォマティクス解析室のJordan Ramilowski准教授が講師を務め、
オンラインでの英語によるコースを全４回の日程で令和４年１月17日から開催いたします。

今回は上級者向けですので、特に以下の三点についての知識・技能を持つ方を対象としています。
⁽ⅰ⁾ R/ RStudioの基本的な知識、
⁽ⅱ⁾ RNA-seqシングルセル解析技術の基本的な理解、
⁽ⅲ⁾ ご自身のPCでの解析環境の設定⁽手順書はこちらでご用意します⁾

参加費
本学学生(大学院生、卒研生含む): 無料
本学教員・研究員(特任・客員含む): 5,000 円
本学拠点で共同研究・共同利用している学外学生・大学院生:無料
本学拠点で共同研究・共同利用している学外教員・研究者: 5,000 円
その他の学外研究者: 7,500 円

ご参加を希望される方は、下記URLよりお申込みください。

https://forms.office.com/Pages/ResponsePage.aspx?id=Zm1jvv7LuEGJXO5cvYvHVRSkDsutwnJClk4xRCld-YZUQTFMU1QxVUVZMDg3VVo2WTdHOENBOUlNRi4u
※参加可否や当日のオンライン情報については別途個別にご連絡いたします。

FY2021 KYOTEN “Advanced Bioinformatics Practical Course” will cover single cell data analysis in R 4.1 (RStudio, Seurat 4, Monocle 3).  The course will be held online (Zoom) and will be given in English.

Participation in the course requires:
(i) basic familiarity with R / RStudio
(ii) basic understanding of RNA-seq single cell technology
(iii) setting up own computational environment
(instructions are provided)

General Course Info
■ Format & Language
Zoom / English

■ Fees
YCU students: Free
YCU researchers: 5,000 yen
External students collaborating at YCU KYOTEN: Free
External researchers collaborating at YCU KYOTEN: 5,000 yen
Other external researchers: 7,500 yen

■ Number of Participants
20 participants (maximum)
(priority will be given to Kyoten collaborators)

■ Application form
Please complete the online Application Form.

■ Application deadline
24 December, 2021

■ Instructor
Jordan Ramilowski, PhD (YCU/RIKEN IMS)

■ Lectures
4 classes for 2 hours/each, 8 hours total
Each class has lecture and practical

Lecture 1: 17 January, 2022, 17:30–19:30
Working with own and public single cell data. Creating and understanding Seurat object

Lecture 2: 31 January, 2022, 17:30–19:30
scRNA-seq data processing in Seurat: QC, normalization, clustering and annotations

Lecture 3: 14 February, 2022, 17:30–19:30
scRNA-seq data integration & differential expression in Seurat

Lecture 4: 28 February, 2022, 17:30–19:30
Introduction to scRNA-seq trajectory analysis using Monocle 3

For more details please refer to: https://www.dropbox.com/s/7p7yglbos5jy1ab/FY2021_Advanced_Bioinformatics_Practical_Course.pdf?dl=0

〒２３６-０００４
横浜市金沢区福浦３-９
横浜市立大学先端医科学研究センター
研究・産学連携推進課 産学連携担当
kyoudou@yokohama-cu.ac.jp