先端医科学研究センター共同利用・共同研究拠点「マルチオミックスによる遺伝子発現制御の先端的医学共同研究拠点」共同利用のお知らせ

横浜市立大学先端医科学研究センター共同利用・共同研究拠点「マルチオミックスによる遺伝子発現制御の先端的医学共同研究拠点」共同利用のお知らせ

本拠点では共同利用として、学内外の研究者を対象としたシングルセルRNA-seqの受託解析を行います。

受付期間:6月〜11月(学外は10月まで)
解析終了後にデータ納品を行います。
受注件数:各月１件程度(検体数は応相談)

概要

解析方法: 10X Genomics社Chromiumを用いた3’ mRNA シングルセルRNA-seq解析
対象生物種: ヒト、マウス
受託内容: ライブラリー作成、シーケンス、データ一次解析
シーケンス条件: 〜10,000細胞、約20,000リード/細胞
データ一次解析: 10X Genomics社Cell rangerによるゲノムマッピング、遺伝子発現量計算
受付可能な検体: 凍結細胞、または生細胞(学内のみ可)
費用: 【学内】通常価格:615,000円/検体、急ぎ価格:845,000円/検体
※11月受付分は急ぎ価格のみ
【学外】通常価格:725,000円/検体、急ぎ価格:985,000円/検体
※10月受付分は急ぎ価格のみ

《納期の目安》
通常価格:検体受け取り後、約２ヶ月
急ぎ価格:検体受け取り後、約１ヶ月

受付検体の条件

①凍結細胞

・1チューブあたり細胞1×10⁵個以上、融解後の細胞生存率が80%以上で、凝集しないこと。
・1検体あたり3チューブ以上(解析用チューブ、予備チューブ、融解テスト用チューブ)をご提供ください。
・凍結方法は、こちらの「凍結細胞の調製、融解、送付について」をご覧ください。
・申込前に、融解後の細胞生存率および細胞が凝集しないことを必ず確認してください。

②生細胞(横浜市立大学内研究者のみ)

・1検体あたり細胞5×10⁴個以上、細胞生存率が80%以上で、凝集しないこと。
・生細胞の解析を希望される場合は、受注確定後に担当者から日程調整の連絡をいたします。
・申込前に、細胞懸濁液調製後の細胞生存率と細胞が凝集しないことを必ず確認してください。

ライブラリー調製、シーケンス

・ライブラリー調製キット : 10X Genomics社Chromium Next GEM Single Cell 3’ Kit v3.1

・シーケンス :イルミナ社 NextSeq 500によるシーケンス、または外注

データ解析・提供

・ソフトウェア:10X Genomics社Cell Ranger

・リファレンス配列:hg38(ヒト)、mm10(マウス)
・納品物:リード情報(FASTQ)、遺伝子発現量データ(Cell rangerデータ)
・データ提供方法:USBメモリ、またはハードディスクにて提供

支払いが可能な研究費(横浜市立大学内研究者のみ)

・科学研究費、奨学寄附金(民間企業や財団の研究助成金など)、民間の受託研究費・共同研究費、基礎研究費、かもめプロジェクト助成金、戦略的研究推進費、学術的研究推進費

・学外からの利用者の方には、受注確定後に見積書をお送りします。その後、解析完了後に納品書と請求書を発行いたします。

その他の注意事項

・当受託解析は本拠点との共同研究となります。
・ヒトならびにマウス検体ともに、文部科学省の「遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律」(カルタヘナ法)におけるP1またはP2レベルの検体に限ります。

ヒト生体試料の申込について	ヒト生体由来の検体は倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いることの承認を受けた上で行うこととし、かつ委託者の責任において匿名化されたものに限らせていただきます。本拠点では、試料を適切に管理した上で解析を行い、本解析内容を超えた利用は行いません。また、解析委託を受けた者以外へ検体・情報の提供や、業務上知り得た情報を、委託を受けた者以外へ提供いたしません。
マウス生体試料の申込について	動物実験委員会での動物実験の承認を受けた上で行うこととします。
事前にお問い合わせが必要なサンプル	感染性や病原性、毒性を有する、またはその可能性のあるサンプルについては解析ができない場合がございます。必ず事前にお問い合わせください。
受注後のキャンセルについて	解析受注後、実作業に入ってからのキャンセルはお受けできません。検体受領後の細胞融解やクオリティチェックで問題が見つかった場合など、検体に問題がある場合にはご連絡いたします。もし解析を取りやめる場合は、実作業分の費用を負担していただきます。またクオリティが十分でない検体のシーケンスを行う場合には、データ量や質が想定値に達しない場合があることを、ご了承ください。その他、解析中に不測の事態が生じた場合にもご連絡いたします。
共同利用の実施について	共同利用の実施は、不慮の事故も含め成功を保証するものではありません。当初に期待した解析結果が得られない場合があることを予めご承知おきください。この場合、研究参画者ご自身の研究費でご負担いただいた経費の補填はできかねますので、ご了承ください。
検体の受け渡し	受注確定後、検体の受け渡しなどについて担当者から連絡をいたします。その際に、検体の準備状況についてもお伺いいたします。
支払い	本拠点より請求書を発行いたしますので、支払いをお願いいたします。料金の支払いは解析データ報告後となるため、科学研究費など研究期間に制限のある予算の場合にはご注意ください。支払い方法によっては、お引き受け出来ない場合もあります。
納期	検体受け取り後、約１~2ヶ月を予定しています。受注時におおよその納期をお知らせいたします。また解析が終了次第ご連絡いたします。ライブラリー調製やシーケンスの作業が原因で問題が生じた場合には、無償で再実験をいたしますが、その場合には納期が遅れる可能性があります。また、解析機器に故障が生じた場合には、納期が大幅に延長する、あるいは解析を中止させていただく場合があります。
検体・データの保存	ご提供いただいた検体情報や残存検体、ライブラリー調製過程で生成される関連試料、シーケンスデータなどは一定期間保管し、順次適切に廃棄いたします。返却を希望される場合には、事前にご相談ください。
成果の発表について	本共同利用による成果を含む学術論文、書籍、学会発表及び講演等の公知となる印刷物及び電子媒体には、本拠点の受託解析を利用した旨を記載してください。文例は以下を参考にしてください。 (和文) シングルセルRNA-seq解析は横浜市立大学先端医科学研究センターにおける文部科学省共同利用・共同研究システム形成事業~特色ある共同利用・共同研究拠点支援プログラム~JPMXP0622717006で行われた。 (英文) The single cell RNA-seq analysis was performed at the Advanced Medical Research Center, Yokohama City University, under the MEXT Promotion of Distinctive Joint Research Center Program (Grant Number JPMXP0622717006).
その他	申込内容に不備、又は虚偽の記載がある場合は、申込をお断りします。

共同利用要綱

・こちらもお読みください

解析の申込

こちらの申込フォームにご記入ください。
・送信後、担当者から折り返しご連絡するとともに、サンプルシートにご記入いただきます。検体情報についての確認などが済み次第、受注となります。

お問い合わせ先

事務担当:横浜市立大学先端医科学研究センター「共同利用・共同研究拠点」運営事務局
T E L :045-787-2529
E - m a i l :kyoudou@yokohama-cu.ac.jp