専任教員
連携大学院教員
横浜市立大学では、理化学研究所と協定等を結び、理化学研究所の研究者が本学客員教授等として、大学院生へ研究指導を行うなど、大学と研究所の研究交流の促進を図っています。
| 関 原明 客員教授 | 植物ゲノム発現研究チーム （連携大学院・理化学研究所） |
| 持田 恵一 客員教授 | バイオ生産情報研究チーム （連携大学院・理化学研究所） |
| 林 誠 客員教授 | 植物共生研究チーム （連携大学院・理化学研究所） |
| 岡本 昌憲 客員教授 | 植物化学遺伝学研究チーム （連携大学院・理化学研究所） |
| 萩原 伸也 客員教授 |
分子生命制御研究チーム
（連携大学院・理化学研究所）
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最先端の研究を行うために、多様な研究者の方々が客員および特任教員として木原生物学研究所に携わっています。
客員教員
| 清水 健太郎 客員教授 | Extraordinarious Professor at University of Zurich (※ 清水グループ代表） |
特任教員
| 松井 南 特任教授 | 合成ゲノミクス研究グループ (理化学研究所） |